Kabupaten Kutai Kartanegara merupakan kelanjutan dari Kabupaten Kutai sebelum terjadi pemekaran wilayah pada tahun 1999. Wilayah Kabupaten Kutai sendiri, termasuk Balikpapan, Bontang dan Samarinda, sebelumnya merupakan wilayah kekuasaan Kesultanan Kutai Kartanegara ing Martadipura. Pada tahun 1947, Kesultanan Kutai Kartanegara ing Martadipura dengan status Daerah Swapraja Kutai masuk dalam Federasi Kalimantan Timur bersama 4 Kesultanan lainnya seperti Bulungan, Sambaliung, Gunung Tabur dan Pasir. Daerah Swapraja Kutai diubah menjadi Daerah Istimewa Kutai yang merupakan daerah otonom/daerah istimewa setingkat kabupaten berdasarkan UU Darurat No. 3 Tahun 1953. Pada tahun 1959, status Daerah Istimewa Kutai yang dipimpin Sultan A.M. Parikesit dihapus. Dan berdasarkan UU No. 27 Tahun 1959, daerah ini dibagi menjadi 3 Daerah Tingkat II.
